Berdirinya Universitas Wiraraja tidak bisa terlepas dari peran dan dedikasi tokoh masyarakat, pendidik, pengusaha dan Pemerintah di Kabupaten Sumenep. Kampus di ujung timur pulau Madura, Jawa Timur ini, berdiri dengan dipelopori oleh : Dr. H. A. Said Hidayat, M.Si, Kepala Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Sumenep ( 1985-1995 ); Soegondo, Bupati Sumenep ( 1985-1995 ); Waseol Djakfar, BBA., Kepala Sanggar Kegiatan Belajar Sumenep; dan Syafrawi, Karyawan Bank Negara Indonesia 1946. Pada hari Jum'at, tanggal 25 Juli 1986 bertepatan dengan 18 Dzulqa'dah 1406 Hijriyah, didirikanlah Yayasan Universitas Wiraraja Sumenep, sebagai badan hukum penyelenggara Universitas Wiraraja yang didirikan dengan akta Notaris Abdul Kohar, SH., Notaris di Surabaya, Nomor : 159, Yayasan ini kemudian mendirikan PTS yang diberi nama Universitas Wiraraja. Selanjutnya Badan Penyelenggara mengalami perubahan atau alih kelola dari Yayasan Universitas Wiraraja menjadi Yayasan Arya Wiraraja berdasarkan Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor : 473/KPT/I/2016 Pada awalnya Universitas Wiraraja menyelenggarakan empat program studi yaitu Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian, Program Studi Ilmu Hukum Program Kekhususan Hukum Perdataan, Program Studi Manajemen Perusahaan, dan Program Studi Ilmu Administrasi Negara.Sejalan dengan kebutuhan masyarakat maka Universitas Wiraraja membuka Program Studi Teknik Sipil, Program Studi Akuntansi, Program Studi Keperawatan, Program Studi Diploma III Kebidanan dan Profesi Ners, Program Studi Pendidikan IPA, Program Studi PGSD, Magister Hukum dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian yang sebagian besar telah terakreditasi B dan Program Studi Hukum terakreditasi A. Sejak tahun 2018 Program Studi Ilmu Administrasi Negara mengalami perubahan nomenklatur menjadi Program Studi Administrasi Publik dan pada tahun 2019, Universitas Wiraraja membuka Program Studi baru yaitu Program Studi Kebidanan Program Sarjana dan Program Studi Pendidikan Profesi Bidan Program Profesi. Pada tahun 2020 hingga tahun 2022 juga telah dibuka program studi baru yaitu Program Studi Informatika Program Sarjana, Program Studi Sistem Informasi Program Sarjana, Program Studi Bisnis Digital Program Sarjana, dan Program Studi Desain Komunikasi Visual program sarjana Serta berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Nomor : 948/SK/BAN-PT/Akred/PT/XI/2020 bahwa Universitas Wiraraja telah terakreditasi "BAIK SEKALI".Universitas Wiraraja secara kontinyu melakukan pengembangan sarana dan prasarana berupa penambahan gedung kuliah dan 4 lokal ruang perkuliahan, pengembangan perpustakaan, laboratorium bahasa, laboratorium komputer, laboratorium teknik sipil, laboratorium micro teaching, laboratorium IPA terpadu, peradilan semu, klinik wiraraja medika, green house, tax center, mini bank, BI corner, inkubator bisnis, galeri investasi bursa efek Indonesia syariah, maharaja center, laboratorium FISIP, laboratorium THP, laboratorium informatika, graha sumekar, gedung graha wiraraja I serta fasilitas computer based test (CBT) center.Selain itu Universitas Wiraraja saat ini melaksanakan dan mengembangkan layanan data dan informasi yang dapat dimanfaatkan secara luas oleh civitas akademika dan masyarakat serta peningkatan kualitas sumber daya manusia dosen dan tenaga kependidikan melalui pelatihan dan studi lanjut agar dapat memberikan pelayanan mutu yang baik bagi mahasiswa serta memberikan program asuransi bagi seluruh mahasiswa sebagai bentuk jaminan kesehatan dan keperawatan. Pada Tahun 2022 Universitas Wiraraja memiliki Rumah Restorative Justice dan Universitas Wiraraja merupakan Perguruan tinggi pertama sebagai Rumah Restorative Justice dan satu-satunya di Indonesia.Universitas Wiraraja mendukung dan memfasilitasi pengembangan kreativitas mahasiswa dengan mengikuti berbagai kegiatan kemahasiswaan serta senantiasa menjaga koordinasi, komunikasi dan kerja sama yang kondusif baik dengan pemerintah daerah, perusahaan dan lembaga lokal, Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi Wilayah VII, KEMDIKBUDRISTEK bahkan dengan lembaga tingkat regional maupun internasional agar pelaksanaan Merdeka Belajar - Kampus Merdeka dapatmeningkatkan kualitas pendidikan yang akan menghasilkan tenaga profesional dan berdaya saing global berkarater kebangsaan dalam rangka menghadapi era society 5.0.